در قوانین و مقررات جاری مالیاتی، پیمانکار و مالیات پیمانکاری به‌طور اخص تعریف نشده، اما در موارد مختلف قانون مالیات‌های مستقیم مصوب اسفند ماه ۱۳۴۵ و اصلاحیه آن دو نوع مالیات یعنی مالیات مقطوع و مالیات بر درآمد، در مورد عملیات پیمانکاری مقرر شده است.
مالیات مقطوع مالیاتی است تکلیفی که کارفرمایان سازمان‌های دولتی، شهرداری‌ها، موسسات عام‌المنفعه مستقل و شرکت‌ها به‌طور کلی و سایر اشخاص در صورتی که مبلغ کل پیمان از ۱۰ میلیون ریال بیشتر باشد، مکلفند از پرداخت‌هایی که پیمانکاران، اعم از اشخاص حقیقی یا حقوقی نسبت به هر نوع کار ساختمانی و تاسیسات فنی و تاسیساتی و حملونقل یا تهیه ساختمان‌ها و تاسیسات، نقشه‌کشی، نقشه‌برداری، نظارت و محاسبات فنی می‌کنند ۵/۵ درصد آن را کسر و به حساب تعیین‌شده از طرف وزارت دارایی واریز کنند. این مالیات به دو جزء ۴ درصد و ۵/۱ درصد تقسیم می‌شود؛ جزء اول یعنی ۴ درصد قطعی است، جزء دوم یعنی ۵/۱ درصد به عنوان پیش‌پرداخت مالیات پیمانکار محسوب می‌شود و از مالیات متعلق به درآمد پیمانکاری قابل کسر است. واگذاری قسمتی از عملیات پیمان از طرف پیمانکار دست اول به پیمانکار دست دوم، مشمول مالیات مقطوع پیمانکاری نیست و پیمانکاران دست اول به عنوان کارفرما نباید از پرداخت‌هایی که پیمانکاران دست دوم می‌کنند از این بابت کسر کنند. در مواردی که پیمانکار، شخص خارجی مقیم خارج از کشور باشد که در ایران شعبه یا نمایندگی ندارد کارفرمایان مکلفند در هر پرداخت کل مالیات متعلق شامل مالیات مقطوع به نرخ ۴ درصد و مالیات بر درآمد پیمانکاری را در منبع محاسبه و کسر و به حساب‌های مقرر واریز کنند. استاندارد حسابداری شماره ۹ شرکت‌های پیمانکاری را ملزم به شناسایی درآمد پیمانکاری بلند‌مدت به روش درصد پیشرفت کار (هزینه به هزینه) می‌کند. در این روش پیمانکار باید هزینه‌های کل پروژه را برآورد و بر مبنای آن و متناسب با هزینه‌های واقعی تحقق‌یافته درآمد هر دوره مالی را شناسایی کند. نتایج حاصل از محاسبات یاد‌شده همیشه با صورت وضعیت‌های ارسالی و تایید شده توسط کارفرمایان متفاوت است و اختلاف موجود بین صورت‌وضعیت‌های تایید‌شده و درآمد شناسایی‌شده به روش هزینه به هزینه در ترازنامه تحت عنوان مبلغ قابل بازیافت پیمان‌ها یا مازاد کار گواهی‌شده درج می‌شود. نکته قابل تامل به لحاظ مالیاتی این است که وقتی درآمد بر مبنای هزینه‌های تحقق‌یافته شناسایی و ثبت می‌شود اگر هزینه‌ای توسط ممیزان مالیاتی برگشت داده یا غیرقابل قبول شناخته شود، تکلیف درآمد متناظر آن چه می‌شود.ماده ۱۰۴ قانون مالیات‌های مستقیم اعلام می‌دارد که وزارت خانه و موسسات دولتی، شهرداری‌ها، موسسات وابسته به دولت و شهرداری‌ها و کلیه اشخاص حقوقی اعم از انتفاعی و غیرانتفاعی و اشخاص موضوع بند (الف) ماده ۹۵ این قانون مکلف هستند در هر مورد که بابت حق‌الزحمه پزشکی، هزینه‌های بیمارستانی و آزمایشگاهی و رادیولوژی، داوری، مشاوره، کارشناسی، حسابرسی، خدمات مالی و اداری، نویسندگی، تالیف و تصنیف، آهنگسازی، نوازندگی و هنرپیشگی و خوانندگی، نقاشی و دلالی و حق‌العمل‌کاری هر گونه حق‌الزحمه یا کارمزد ارائه خدمات به استثنای کارمزد پرداختی به بانک‌ها، صندوق تعاون و موسسات اعتباری غیر‌بانکی مجاز امور مربوط به نظافت اماکن و ابنیه، اجاره ماشین‌آلات اداری و محاسباتی کلیه خدمات و ارتباطات رایانه‌ای، اجاره هر نوع وسایل نقلیه موتوری زمینی، هوایی و دریایی، ماشین‌آلات و کارخانجات و سردخانه‌ها، انبارداری، نگهداری و تعمیر آسانسور و شوفاژ و تهویه مطبوع، هر نوع کار ساختمانی و تاسیسات فنی، تهیه طرح ساختمان‌ها و تاسیسات، نقشه‌کشی، نقشه‌برداری، نظارت و محاسبات فنی، حملونقل و وجوهی که بابت حق نمایش فیلم به هر عنوان پرداخت می‌کنند پنج درصد آن را به عنوان علی‌الحساب مالیات مودی (دریافت‌کنندگان وجوه) کسر و ظرف سی روز به حساب تعیین‌شده از طرف سازمان امور مالیاتی کشور واریز و رسید آن را به مودی تسلیم کنند. همچنین باید ظرف همین مدت مشخصات دریافت‌کنندگان را با ذکر نام و نشانی آنها به اداره امور مالیاتی ذی‌ربط ارسال دارند. تسهیلات اعطایی بانک‌ها از طریق قرارداد جعاله در امور مربوط به کشاورزی و تعمیر و تکمیل یک واحد مسکونی مشمول کسر ۵ درصد مالیات علی‌الحساب موضوع این ماده نبوده و در این‌گونه موارد بانک‌ها مکلف هستند رونوشت قرارداد جعاله تنظیمی با عامل را ظرف سی روز از تاریخ انعقاد قرارداد به اداره امور مالیاتی ذی‌ربط ارسال دارند.
در مورد انجام امور مربوط به این ماده چنانچه قراردادی تنظیم شود کارفرما مکلف است ظرف سی روز از تاریخ انعقاد قرارداد رونوشت آن را به اداره امور مالیاتی محل با اخذ رسید تسلیم نماید. در مواردی که منابع درآمد مذکور در این ماده کلا از پرداخت مالیات معاف باشد کسر علی‌الحساب مالیات به شرح فوق به شرط استعلام قبلی و کسب نظر اداره امور مالیاتی محل منتفی است. در مواردی که وجوه مذکور در این ماده در صندوق دادگستری و امثال آن تودیع یا به وسیله مراجع اجرایی وصول می‌گردد تودیع‌کننده مکلف به کسر مالیات نخواهد بود و انجام تکالیف مقرر در این ماده به عهده متصدیانی خواهد بود که دستور پرداخت وجوه مذکور را صادر می‌کنند. در مورد قراردادهای پیمانکاری موضوع ماده ۷۶ قانون مالیات‌های مستقیم مصوب اسفند ماه ۱۳۴۵ و اصلاحیه‌های بعدی آن پیشنهاد میث‌گردد و قبل از تاریخ تصویب این قانون کارفرما مکلف است طبق مقررات ماده مذکور عمل نماید. سازمان امور مالیاتی کشور تا پایان دی ماه هر سال فهرست سایر مواردی را که باید از آغاز سال بعد به امور مطرح در این ماده اضافه شود، از طریق درج آگهی در روزنامه رسمی و یکی از روزنامه‌های کثیرالانتشار کشور اعلام خواهد کرد. سازمان امور مالیاتی کشور می‌تواند در صورت خودداری پرداخت‌کنندگان وجوه موضوع این ماده از انجام تکالیف مقرر به آنها مراجعه و پس از رسیدگی‌های لازم مالیات متعلق را مطالبه کند. در صورت استنکاف آنها از پرداخت، از طریق عملیات اجرایی مالیات را وصول و در مورد کلیه دستگاه‌های اجرایی دولت، نهاده‌های عمومی غیردولتی و سایر سازمان‌ها و موسساتی که به نحوی از اعتبارات دولتی استفاده می‌کنند و همچنین سایر دستگاه‌هایی که مشمول قانون بر آنها مستلزم ذکر نام یا تصریح نام است از حساب بانکی برداشت کند. معافیت مالیاتی وجوه پرداختی توسط دستگاه‌های دولتی و شهرداری‌ها بابت خرید لوازم و تجهیزات از طریق اعتبار اسنادی نظر به اینکه رسیدگی به وضعیت مالیاتی پیمانکاران خارجی و شناسایی درآمد آنها در مواردی که کارفرمای قرارداد دستگاه دولتی یا شهرداری‌ها هستند از اهمیت ویژه‌ای برخوردار بوده و لازم است مامورین تشخیص مالیات ذی‌ربط در تفکیک و شناسایی آن قسمت از وجوه قرارداد که بابت لوازم و تجهیزات از طریق گشایش اعتبار اسناد خریداری و طبق مفاد تبصره ذیل ماده ۱۱۱ قانون مالیات‌های مستقیم مشمول پرداخت مالیات نیست از سایر اقلام مشمول مالیات مانند بهای طراحی، ساخت، نظارت، نصب و راه‌اندازی و غیره دقت کافی مبذول دارند و نکات زیر را مورد توجه قرار دهند:
۱- چنانچه در متن قرارداد بهای تجهیزات خریداری از خارج کشور از خدمات و تجهیزات داخلی و سایر فعالیت‌ها تفکیک نشده باشد، باید بهای تجهیزات وارداتی بر مبنای اسناد و مدارک مثبته و عندالزوم با توجه به موارد مشابه تعیین و سپس با کسر آن از دریافتی سالانه نسبت به مابه‌التفاوت ضریب مالیاتی اعمال و مالیات متعلق محاسبه گردد. تاکید می‌نماید، آن قسمت از مبلغ قرارداد که به مصرف خرید لوازم و تجهیزات خارج از کشور می‌رسد می‌بایست متکی به اسناد و مدارک قابل قبول و حسب ضرورت مشاهده عینی و احراز مورد باشد.
۲- در رسیدگی مالیاتی به حساب‌های شعب و نمایندگی‌های اشخاص حقوقی خارجی اطلاعات و اسناد مربوط به بازاریابی و عقد و اجرای قرارداد (از قبیل پیش‌فاکتور صادره، فاکتور اصلی فروشنده، اعتبار اسنادی، قرارداد موضوع معاملات مذکور و غیره) اخذ و در تشخیص درآمد و مالیات متعلقه اجرا گردد.
۳- در مورد نمایندگی شرکت‌های پیمانکاری به شرح فوق که بعد از خاتمه قرارداد و یا حین انجام قرارداد مبادرت به فروش کالا و تجهیزات از طریق اعتبار اسنادی یا طریق دیگر می‌نمایند، وجوه حاصل از فروش تجهیزات و کالای مذکور با رعایت قسمت اخیر بند ب ماده ۱۰۷ محاسبه درآمد کمیسیونری که نمایندگی به حساب خود تحصیل کرده است خواهد بود.
۴- باید دقت شود که فروش باقیمانده مصالح و تجهیزات و یا واگذاری امکاناتی که حین اجرای قرارداد ایجاد شده، به‌عنوان فعالیت‌های جنبی منظور و مالیات متعلق به‌موقع تعیین و مطالبه گردد.
